Salah satu kesalahan fatal yaitu memahami jihad sebagai tindakan untuk menyerang, menghabisi atau memaksa pemeluk agama di luar Islam supaya masuk ke dalam Islam atau memusnahkannya dari muka bumi. Kesalahan ini tidak hanya merugikan diri sendiri, tapi juga orang lain dan agama Islam.
Agama Islam yang menjunjung tinggi hak hidup, hak beragama, hak menyampaikan pendapat, dan hak-hak manusia lainnya yang tidak boleh dihilangkan atau dikurangi oleh siapapun, menjadikan kesucian dan misinya ternodai jika jihad dipahami sebagai perbuatan untuk memusuhi pemeluk agama selain Islam.
Jihad disyariatkan untuk menegakkan keadilan dan memusnahkan kezaliman. Sedangkan memusuhi, menyakiti, menghilangkan nyawa seseorang -apapun agamanya- bagian dari kezaliman itu sendiri.
Ulama besar asal Mesir Abu Zahrah (w. 1974), dalam bukunya yang berjudul Nadhariyah al-Harb fi al-Islam (2008: 29), menjelaskan bahwa perang yang dilakukan Nabi Muhammad dalam melawan orang-orang kafir Quraisy yang masih memiliki relasi kerabat dengan Nabi sendiri salah satu tujuannya untuk menjaga kebebasan berpendapat dan berkeyakinan (difa’ ‘an hurriyah ar-ra`yi wa himayah al-‘aqidah).
Orang-orang kafir Quraisy berusaha membendung dakwah Nabi hingga puncaknya berusaha membunuh Nabi dan melakukan penyiksaan terhadap para pengikutnya. Sejarawan Islam Ibnu Hisyam (w. 833) menginformasikan keadaan yang dihadapi Nabi dan pengikutnya sebagai berikut:
إنَّهُمْ عَدَوْا عَلَى مَنْ أَسْلَمَ، وَاتَّبَعَ رَسُولَ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ مِنْ أَصْحَابِهِ، فَوَثَبَتْ كُلُّ قَبِيلَةٍ عَلَى مَنْ فِيهَا مِنْ الْمُسْلِمِينَ، فَجَعَلُوا يَحْبِسُونَهُمْ وَيُعَذِّبُونَهُمْ بِالضَّرْبِ وَالْجُوعِ وَالْعَطَشِ، وَبِرَمْضَاءِ مَكَّةَ إذَا اشْتَدَّ الْحَرُّ
“Para musyrik Quraisy memusuhi orang yang masuk Islam dan mengikuti Nabi Muhammad. Setiap kabilah meng-sweeping anggotanya yang masuk Islam, lalu pemuka musyrik memenjara orang-orang yang masuk Islam dan menyiksanya dengan dipukul, tidak diberi makan dan minum, serta di jemur di padang pasir Makkah saat cuaca panas.” (Ibnu Hisyam, 1955: I, 317).
Bilal bin Rabah, budak yang dimerdekakan Abu Bakar, setelah masuk Islam disiksa oleh pemuka musyrik Quraisy. Bilal dilempar ke tengah padang pasir saat matahari berada di tengah langit, tubuhnya ditindihi batu besar sembari dipaksa untuk tidak mengikuti ajakan Nabi Muhammad, namun Bilal tetap setia kepada Nabi Saw. ‘Ammar bin Yasir dan kedua orang tuanya lantaran masuk Islam dijemur di tengah panas matahari padang pasir oleh musyrikin Bani Makhzum. Ibu ‘Ammar dibunuh karena berpegang teguh dengan keyakinannya untuk tetap mengikuti ajakan Nabi. (Ibnu Hisyam, 1955: I, 317-320).
Bentuk-bentuk penyiksaan seperti di atas juga terjadi pada sahabat-sahabat Nabi Muhammad yang lain. Nabi Saw sendiri berkali-kali hendak dibunuh, namun beliau selalu dilindungi pamannya, Abu Thalib.
Bagi Nabi Muhammad, melarang orang untuk memeluk Islam atau mengikuti ajakan Nabi berarti melakukan tindakan zalim. Karena itu Nabi mengobarkan semangat jihad terhadapnya. Jihad yang dilakukan dengan cara bertahap, yaitu membiarkan dalam kesabaran, menyampaikan argumentasi, hingga pada akhirnya berperang melawannya ketika orang-orang Quraisy terlebih dahulu menyerang. Di sinilah perang dilakukan sebagai langkah terakhir ketika nyawa sudah terancam, itu pun sebatas mempertahankan diri (difa’ ‘ani an-nafs).
Wahbah Az-Zuhaili dalam kesimpulannya atas kajian perang dalam Islam yang ditulis dalam buku Atsar al-Harb fi al-Fiqh al-Islami (1998) menyatakan:
اَلْبَاعِثُ عَلَى الْقِتَالِ لَيْسَ هُوَ الْكُفْرُ وَمُخَالَفَةُ الدِّيْنِ إِنَّمَا هُوَ الْعُدْوَانُ
“Faktor yang mendorong perang (dalam Islam) bukan karena ada kekufuran dan menyalahi agama, melainkan karena ada penyerangan.”
Terkait dengan kebebasan beragama al-Quran telah menyampaikannya secara eksplisit (lihat QS. Al-Baqarah 256, QS. Yunus 108, QS. Al-Isra` 15 dll). Bahkan jika kebebasan beragama atau mempersilakan manusia untuk menganut agama tertentu tidak dijunjung tinggi oleh Islam, maka Islam tak akan memiliki pengikut. Kenapa? Karena Islam di belahan dunia mana pun datang setelah agama-agama lain yang sudah terlebih dahulu berkembang, sehingga dengan menekankan kebebasan beragama di dalam kehidupan sosial maka Islam bisa menjadi salah satu agama yang dipertimbangkan oleh masyarakat yang belum beragama atau hendak pindah agama.